Постоје два извора молибдена у животној средини

(1) Временске прилике ослобађају молибден из стена. Процењује се да 1,000 тона сваке године уђе у водена тела и земљиште и мигрира кроз животну средину. Неравномерна дистрибуција молибдена узрокује „болести земљишта и воде“ у неким областима због недостатка молибдена, а „болести гихта“ (нпр. Јерменија) у неким областима због високог садржаја молибдена.
(ии) Шира примена молибдена у људским активностима и сагоревање фосилних горива која садрже молибден (нпр. угаљ) повећали су количину молибдена која циркулише у животној средини. Светска производња молибдена износи 100,000 тона годишње, а 800 тона молибдена се сагоре и испусти у животну средину сваке године. Количина молибдена која се додаје у циклус људским активностима премашује природни циклус. Индустрије које највише користе молибден су металургија, електроника, ракете и свемир, атомска енергија, хемија и пољопривреда. Загађење молибденом није довољно проучавано.

Транспорт молибдена у животну средину повезан је са оксидационим и редукционим условима, киселошћу и алкалношћу средине и утицајем других медија. Што су вода и земљиште више оксидативни и алкални, то је молибдену лакше да формира јоне МоО; биљке могу да заузму молибден у овом стању. Повећава се киселост средине или повећава редуцибилност, молибден се лако претвара у комплексне јоне, и на крају формира МоО; ово стање молибдена се лако фиксира глином и колоидима земље и хуминском киселином и постаје неактиван, и биљке га не могу апсорбовати. У океану, редуковано окружење дубоког мора узрокује да се молибден адсорбује органским супстанцама, а затим умота у колоиде који садрже манган, на крају формирајући чворове који тону на дно мора и уклањају се из циклуса биосфере.
Молибден има мали утицај на топлокрвне животиње и рибе. Висок ниво молибдена има негативан утицај на биљке, тестови показују да: концентрација молибдена од 0.5 ~ 100 мг/литар када ће раст лана имати различите степене утицаја; 10 ~ 20 мг / литар када раст соје има штетан ефекат; 25 ~ 35 мг / литар када је раст памука благо штетан; 40 мг/л када раст шећерне репе штетно делује. Када концентрација молибдена у води достигне 5 мг/л, биолошко самопречишћавање воде ће бити инхибирано; када је 10 мг/л, овај ефекат ће бити још више инхибиран, а вода има јак опор укус; када је 100 мг/л, микробни раст воденог тела се успорава, а вода има горак укус. Кина предвиђа да је максимално дозвољена концентрација молибдена у подземној води 0,5 мг/л, максимално дозвољена концентрација растворљивог молибдена у ваздуху радионице 4 мг/м3; а нерастворног молибдена је 6 мг/м3.